電子書籍に使えるフォーマットはいくつかあります。
主なフォーマット
EPUB（米国の標準化推進団体 IDPFが策定）
AZW（アマゾンの独自フォーマット）、
.book（ボイジャーの独自フォーマット）
ebi.j（イーブックイニシアティブジャパン開発。主にコミックで使用）
pdf（汎用性は高いが、違法コピーされやすい）
…
HTMLをベースにしたフォーマットが多いようです。
とはいえ、細かい技術的なことに造詣の深い方は別として、とりあえずEPUB（イーパブ）という方式で出版するんだと思っていればいいと思います。
やったことはありませんが、WORDファイルをそのまま使用し出版することも可能のようです。Pdfで出している人もいます。しかし、やはり電子書籍専用フォーマットの方が何かと便利です。読者から見て、完成度が違います。
プロっぽい仕上がりになっていないと、信頼度やリピート率が変わってくるでしょうね。
kindleでいろいろな方の書籍を見ていると、見栄えの重要性がよくわかります。
みなさんも、見比べてみてください。
EPUBのメリット（Kindleで使用した場合）は、
・文字の大きさや画面の大きさに合わせて表示が柔軟に変化する（リフローである、というらしいです)
・HTMLベースなので、読み取り不可能になることはまずありません。
・縦書きに対応した（数年前まではダメだったそうです）
・あまり変換経費がかからない（オープン・フォーマットであるため）
自分で変換するためのソフト、変換サイトなどもいくつか存在しています。
・読み手が文字の大きさを変えられる。
・動画や音声が入れられる。
・目次をクリックするとその章や節にジャンプできる。
（読み返しや、読む場所が決まっているときは便利ですね）
・アンダーラインが引ける。
・アンダーラインを引いたところだけを表示できる。
…
EPUBとKINDLEの機能がごっちゃになってますけど、まあ、合わせるとこういうことができると解釈しておいてください。
とにかく、紙の本でできない便利機能を活かそうとしたら、EPUBで出版するのが無難でしょうね。
EPUBは、WORD等で書いた原稿とIllustrator等で作成した表紙を一緒にしたものと覚えていただいてもいいと思います。
( ｀―´)ノ